أما من حيث (المخطط العام) للكتاب، فهو يبدأ من "قصة مدينتين" في التاريخ، وكيف تكلم المؤرخون، والكتّاب، والشعراء على التناقضات والصراعات بين المملكتين. ثم ينظر المؤلف بعد ذلك كيف ينبغي فهم دعوة محمد صلى الله عليه وسلم كنبي من حيث علاقتها بدعوات أنبياء التوراة الآخرين ... وكيف تتعامل الكتب الثلاثة مع مسائل العنف، والجزاء، والحرب المقدسة، والجهاد. ولِمَ أُهلكت مدن الظلم والشر كسدوم وعمورة؟ هل يتصل هلاكها باللواط أم أن ثمة شيئاً آخر كان يحدق فيها؟ كما تناقش فصول الكتاب شخصيات تحولت إلى أساطير ورموز من أمثال يأجوج ومأجوج، و "ذي القرنين" الإسكندر الكبير، وكيف فسر المسيحيون والمسلمون على مدى التاريخ قصصهم عن المدينتين (القدس، والمدينة المنورة) وأخيراً كيف يجب أن تفهم قصة المدينتين هذه وفقاً للكتب الثلاثة معاً؟ ولمن سيكتب النصر في النهاية؟.